Ostrvo Pompozija je prvobitno bilo okruženo vodama (Po di Goro, Po Volano i more). Prvi istorijski dokument koji dokazuje postojanje opatije je, međutim, iz 9. vijeka. 981. preselio se u manastir Pavese u San Salvatoreu i da je osamnaest godina kasnije bio pod jurisdikcijom nadbiskupije Ravenna, oslobodivši ga kasnije i uživajući, zahvaljujući privatnim donacijama, u periodu velikog cvetanja. Opatiju kojoj se danas divimo posvetio je 1026. godine (tako sagrađena ranije) iguman Guido. Do 14. vijeka opatija je uživala vlasništvo, kako u okolnim zemljama (uključujući fiziološku otopinu u Comacchio), tako i u ostatku Italije, zahvaljujući donacijama; tada je imao polagani pad, usled geografskih i ekoloških faktora, poput malarije i nabijanja područja, takođe izazvanog odstupanjem Po košnice (put Ficarolo, 1152). Bila je od velike važnosti za očuvanje i širenje kulture tokom srednjeg vijeka, zahvaljujući Amanuanskim monasima koji su tamo boravili. U ovoj opatiji monah Guido d'Arezzo je smislio modernu notnu notu i zagledao se u ime muzičkih nota. 1653. godine papa Inoćentije Ks potisnuo je manastir koji je 1802. godine kupila ravenska porodica Guiccioli. Krajem 19. vijeka imanje je prešlo u ruke italijanske države, a trenutno je pod upravom Muzejskog polja Emilije-Romanje. 18. maja 1965. godine, sa mehurićem Pomposian a Abbatia, papa Pavle VI dodjelio je episkopima iz Comacchia titulu igumana Pomposa; 1986. privilegija je prešla na nadbiskupe Ferrara-Comacchio.
