Muzej se nahaja v okviru "Bolnišnice bolnih" (Ospedale Degli Infermi), ki je zgrajena v stilu veličastne neoklasicične arhitekture (1771/1784) in je delo Antonia Foschinija in Gaetana Genta ter predstavlja eno najpomembnejših in najbolj znamenitih zgradb starega mesta Comacchia. V njej je razstavljena bogata arheloška dediščino z ozemlja, od prvih pričevanj iz protozgodovinskega obdobja pa vse do srednjega veka. Skozi razstavo, ki vsebuje skoraj 2000 eksponatov ter zahvaljujoč dobrim rekonstrukcijam in s pomočjo audio vodiča, muzej pripoveduje zgodbo o starodavnem ustju reke Pad, ki je bilo zaradi svojih številnih plovnih poti in kopenskih poti, pomembeno trgovinsko križišče in stična točka za civilizacije Sredozemlja in kontinentalne Evrope. Poseben pomen so namenili naslednjim sektorjem; sektor, ki je posvečen etrurskemu gradu Spina, s predmeti iz hiš in z bogato opremo iz grobnic, sektor, ki se nanaša na romski svet in sektorju, ki pripoveduje o nastanku mesta Comacchio v zgodnejm srednjem veku, kot trgovsko središče s sedežem škofije. V muzej je bila prinešeno tudi bogato blago z rimske ladje iz Comacchia.
