Pompoška insula je prvobitno bila okružena vodama (reka Po di Goro, Po di Volana i morem). Međutim, prvi istorijski dokument u kojem se pominju dokazi o postojanju opatije datira iz 9. veka. Godine 981 premešta se u manastir Pavese na San Salvatoreu a onda osamnaest godina kasnije postaje nadležnost arhijerejske nadbiskupije, nakon čega biva oslobođena i zahvaljujući privatnim donacijama, uživa period velikog procvata. Opatiju kojoj se danas divimo je 1026. godine obnovio (sagrađena je dosta ranije) sveštenik Gido. Do 14. veka opatija je imala veliko imanje (uključujući solanu u Komakiu) i u drugim delovima Italije zahvaljujući donacijama; zatim se beleži blagi pad u prosperitetu usled geografskih i ekoloških faktora, kao što su malarija i oštećenje područja, i devijacije reke Po (Fikarolo ruta, 1152). Bila je od velikog značaja za očuvanje i širenje kulture u Srednjem veku, zahvaljujući Amanuanskim monasima koji su tu živeli. U opatiji je monah Gido d’Arezo sačinio moderni muzički zapis i dao ime muzičkim notama. Godine 1653 Papa Inoćentije X je zatvorio manastir koji je 1802. godine kupila ravenska porodica Gikioli. Krajem 19. veka vlasništvo nad manastirom je prešlo na državu Italiju i sada je pod upravom muzeja Pole u Emiliji-Romanji. 18. maja 1965. godine uz Papa Pavle VI godine je biskupima Komakija dodelio titulu opata Popose; 1986. godine ova privilegija je preneta na nadbiskupe Ferare i Komakija.
