Džamiju je, po predanju, između 1541. i 1561. podigao Mustafa, Vekil-Harč (intendant) bosanskog namjesnika Gazi Husrev-bega i ovo je jedna od rijetkih sarajevskih džamija koja nije nazvana po imenu, nego po zanimanju njezina vakifa (utemeljitelja). Naziv Hadžijska dobio je zbog toga što se nalazi u blizini izlaza iz grada i puta kojim su hadžije išle na hodočašće u Meku, pa je tradicija da se upravo u ovoj džamiji proučava hadžijska dova za hodočasnike. U požaru koji je poharao Sarajevo nakon pohoda princa Eugena Savojskog 1697. godine izgorjela je i Hadžijska (Vekil Harčova) džamija, ali su stanovnici mahale ubrzo popravili.
Osim Vekil-Harč Mustafe legator ove džamije bio je i bogati sarajevski trgovac Hadži-Bešlija Mustafa, koji je veliki dio svog imetka zavještao u svrhu održavanja džamije. Među nišanima u džamijskom haremu nalaze se i oni Vekil-Harč Mustafe, kao i braće Morić - vođa desetogodišnje pobune protiv osmanskih vlasti, koji su pogubljeni 1757. godine. Graditeljska cjelina Hadžijska (Vekil-Harčova) džamija proglašena je 9. maja 2005. godine nacionalnim spomenikom BiH.
